Un nuovo Breast Cancer Purity Score basato sull’espressione genica

In un nuovo studio pubblicato di recente su NPJ Precision Oncology, ricercatori della Fondazione Michelangelo e dell’Università Milano-Bicocca hanno sviluppato e validato come metodo specifico per i tumori alla mammella un nuovo Breast Cancer Purity Score basato sull’espressione genica. Il Breast Cancer Purity Score a 9 geni è risultato più efficiente rispetto ai metodi esistenti per la stima del contenuto tumorale in campioni prelevati da pazienti.
La purezza tumorale, definita come l’abbondanza relativa di cellule neoplastiche in un tumore, può rappresentare una caratteristica intrinseca e biologicamente rilevante del tumore ma è anche influenzata da fattori estrinseci dovuti al metodo di campionamento. L’analisi dei dati e l’interpretazione della caratterizzazione molecolare di grandi coorti cliniche possono essere distorte dalla variabilità della purezza tumorale, quindi sono state proposte diverse strategie per stimarla basate sull’espressione genica o su profili genomici o di metilazione del DNA, ma nessuna è disponibile specificamente per il carcinoma mammario. I ricercatori hanno analizzato oltre 6000 profili di espressione da dieci database sul tumore alla mammella per generare e convalidare un punteggio di purezza tumorale; il Breast Cancer Purity Score che ne è emerso ha superato l’efficacia di ESTIMATE, uno dei metodi comunemente utilizzati basati sulla trascrittomica e sviluppato su dati da tumori di tutti i tipi, senza includere geni correlati al tumore. Il nuovo Score può anche catturare cambiamenti indotti dal trattamento, offrendo informazioni predittive e prognostiche: la purezza tumorale stimata dal Breast Cancer Purity Score per esempio ha migliorato la definizione della prognosi nel carcinoma mammario luminale, è risultata correlata alla risposta patologica completa nelle biopsie effettuate durante la terapia da pazienti con tumore mammario triplo negativo sottoposte a trattamento neoadiuvante e ha stratificato efficacemente il rischio di recidiva nel carcinoma HER2+ con malattia residua dopo-trattamento neoadiuvante. Come concludono gli autori, «Utilizzando dati trascrittomici di carcinomi mammari abbiamo sviluppato e validato uno strumento semplice per stimare il contenuto tumorale, utile per esplorare il ruolo della purezza tumorale, facilitare l’interpretazione dei dati e migliorare la valutazione della prognosi. L’approccio utilizzato per questo studio potrebbe essere applicato con successo ad altri tipi di cancro».