Profili di metilazione del DNA nel carcinoma mammario triplo negativo

Uno studio pubblicato di recente su Nature Communications, esaminando il panorama della metilazione del DNA del carcinoma mammario triplo negativo (TNBC), definisce due sottotipi epigenetici di TNBC con diversi modelli trascrizionali e anche diversi microambienti immunologici e strategie di evasione immunitaria.
Gli autori hanno analizzato i profili del metiloma tumorale di 235 pazienti con TNBC; hanno raccolto dati come il sequenziamento completo del genoma, il sequenziamento dell’RNA, lo stato di ipermetilazione di BRCA1, i profili globali di metilazione del DNA, i dati di immunoistochimica in situ, le valutazioni morfologiche e i dati estesi di trattamento e follow-up clinico. Sulla base dei dati di metilazione e del contesto genomico della metilazione CpG, gli autori hanno suddiviso il TNBC in due sottotipi epigenetici corrispondenti a un gruppo basale e uno non-basale; questi gruppi presentavano modelli trascrizionali caratteristici, correlati alla metilazione del DNA di elementi regolatori distali e alla regolazione epigenetica di geni chiave della risposta agli steroidi e di fattori di trascrizione dello sviluppo. Inoltre, i due gruppi mostravano diversi microambienti immunologici, diverse strategie di evasione immunitaria mediate epigeneticamente e una specifica rete di geni metabolici nelle pazienti più anziane che potrebbe anch’essa essere regolata epigeneticamente. Gli autori hanno postulato l’esistenza di due principali scheletri epigenetici nel TNBC, un epitipo basale e uno non-basale, che dovrebbero rappresentare distinti stati fondamentali di metilazione del DNA e che a loro volta potrebbero essere ulteriormente suddivisi in sottogruppi con strategie metaboliche e di evasione immunitaria apparentemente distinte. I risultati di questo studio hanno evidenziato una plausibile regolazione epigenetica di importanti fattori nel carcinoma mammario, che potrebbero aiutare a spiegare le principali differenze trascrizionali tra tumore alla mammella del gruppo basale e del non-basale, indipendentemente dai sottogruppi clinici. «Sulla base dei nostri risultati, ulteriori ricerche dovrebbero essere indirizzate alla comprensione della cellula di origine delle modifiche epigenetiche, dei collegamenti tra i fenotipi epigenetici e le strategie di evasione immunitaria e delle differenze metaboliche all’interno dei sottotipi trascrizionali ed epigenetici del TNBC», concludono gli autori.